先天性喉软骨发育不良是一种自限性的疾病。治疗的轻重在很大程度上决定。以补钙为主，避免仰卧刺激及胃食管返流。对于严重的先天性喉软骨发育不全或无法自行愈合的儿童，应行外科手术。
一、一般治疗以补钙为主，避免仰卧刺激及胃食管返流。对于营养不良，生长缓慢，已知有胃食道返流的婴幼儿，可以使用含抑酸剂和高卡路里的食物。
二、对于先天性喉软骨发育不良的药物治疗，目前还没有药物治疗。