反应性关节炎反复发作的可能性难以估计，但它只在少数病人中复发。多数患者在经过有效地治疗之后病情都是能够获得显着缓解并且能够改善预后。
反应性关节炎本病本身往往有一定自限性，多数病人在起病6周至8个月内症状可减轻，外周关节功能可完全恢复，皮肤粘膜损伤可恢复而无任何痕迹。当然有些病人因感染灶长期存在，或发生某些新感染，而致病情反复慢性迁延不愈、慢性复发性关节炎、虹膜炎等，还会引起关节畸形、视力下降等。