骨筋膜室综合征晚期并发症有可能有肌肉缺血性肌痉挛、坏疽、脓毒血症或者是菌血症等。
为患者发生骨筋膜室综合征，后期并发症以引起肢体部位肌肉缺血为主，由此导致肌肉缺血性肌痉挛，即肌肉软缩明显，它可引起肢体部位畸形。如果患者长时间不进行治疗的话还可能引发骨关节炎等一系列疾病，造成关节功能障碍，最终发展成为骨性关节炎。前臂部位可引起爪形手畸形，小腿部分形成爪形足，即有足部下垂。这种病症一旦发生的话就很容易造成局部软组织损伤甚至是骨关节破坏，进而引发疼痛和肿胀等症状。且严重者可引起肢体部位缺血坏死，造成坏疽，且坏死组织入血后可使患者发生脓毒血症或菌血症，晚期可引起明显肝肾功能衰竭，因而严重地影响了患者的生活。