腱鞘囊肿手术时应根据囊肿所在部位设计切口大小、长度及方向。一般情况下，医生都会沿着皮纹的方向，或者是比较隐蔽的地方，将囊肿完全切除。会不会留下疤痕，要看切口的大小和患者的体质，大部分人都会留下疤痕，也有少部分患者会因为疤痕体质而出现疤痕增生。任何侵入性手术都会在患者身上留下疤痕，包括腱鞘囊肿手术。疤痕是无法避免的，但是可以通过手术来保留疤痕，腕关节部位的腱鞘囊肿手术用腕关节镜，踝关节镜手术后只留一只眼。另外，在做完正常的腱鞘囊肿手术后用美容缝合可以减少疤痕的形成。术后可以使用尿素维E乳膏等药膏淡化疤痕。如果是疤痕体质，疤痕比较大，可以做消疤手术。