一般情况下，矮小症、先天性髋关节发育不良、重症肌无力需要与进行性骨干发育不全相鉴别。
1、矮小症：进行性骨干发育不全起病较慢，患者通常会有肢体疼痛、肌无力等症状，多数发生在婴儿时期，后续可能会有消瘦矮小的症状。此时，一般需要与矮小症进行鉴别。因为矮小症患者的身形也较为矮小，易与进行性骨干发育不全混淆。
2、先天性髋关节发育不良：在进行性骨干发育不全的影响下，患者也可能出现鸭摆的步态，与先天性髋关节发育不良患者的走姿较为相似，需要鉴别诊断。
3、重症肌无力：由于进行性骨干发育不全患者的也可能有肌无力的表现，患侧肢体也可能出现疼痛症状，与重症肌无力较为相似，需要做一定鉴别。