颈椎好了肩胛骨还会痛的原因如下：
第一，菱形肌的劳损，肩胛骨活动过度的活动会引起的菱形肌劳损，使菱形肌丧失原有的弹性，从而出现了肌的僵直和疼痛的症状。按压时可以感觉到在肌肉中有一个坚硬的结节。
第二，胸椎小关节的错位，会造成胸椎两边的肌肉紧张或拉长，从而出现肩胛骨的疼痛。一般情况下，经手法复位后，胸椎小关节的疼痛会慢慢的缓解。