一般情况下，做腱鞘囊肿的手术不痛，在做完腱鞘囊肿之前，要先进行利多卡因的局部浸润麻醉，这样可以在术后起到明显的作用，整个过程中不会有任何的痛苦，而且可以维持2-3个小时。
除了麻醉的时候会造成很大的痛苦。对于囊腔大，囊壁厚度大，并会影响到关节的屈、伸运动，是治疗肌腱鞘囊肿的外科治疗。手术完全去除了囊腔，去除了液体，并对周围的粘连和压迫的组织进行了清理，三个星期之内不能做任何的剧烈的活动和负担。