肠道感染后反应性关节炎的治疗方法主要是以手术为主。
反应性关节炎是关节外感染诱发的关节炎症，并不是病原体直接感染关节所致。而非甾体类抗炎药可用于缓解症状。严重病例可短期全身使用糖皮质激素或局部用糖皮质激素封闭。同时针对感染菌使用抗生素，但对关节炎的症状和预后无影响。
此外，肠道感染后反应性关节炎的预后通常较好，可能和后者重复感染的机会较少有关。