先天性腓骨缺如的治疗方法是预测为小腿轻度不等长者，治疗的目标是矫正小腿不等长和足部畸形。
患者在生长期可暂时垫高鞋底克服肢体不等长，再于适当时机选择正常侧小腿的骨骺阻滞，以致于在骨骼生长停止后，使双小腿的长度相等。如果肢体均衡性手术远不能纠正预测的肢体长度差异，应建议进行Syme截肢术及安装假肢。对于较严重的足部畸形，广泛的软组织松解术难以获得一个真正跖行足，较严重的足部畸形也伴有重度的肢体短缩畸形，应行早期截肢和假肢性重建。