儿童病毒性脑炎恢复期有可能出现精神迟钝，大部分可以完全恢复，不留任何神经系统后遗症。少数病情严重，尤其是单纯疱疹病毒脑炎，可有脑实质的严重受累，预后不良，常常遗留神经精神异常，可有运动障碍、癫痫、视听功能受损和智力低下等。对病毒性脑炎急性期过后留有神经系统后遗症者，应给予康复治疗。