新生儿便秘可能是功能性便秘和先天性肠道畸形导致的便秘。功能性便秘，经过调理可以痊愈;先天性肠道畸形导致的便秘，一般的调理是不能痊愈的，必须经外科手术矫治。绝大多数的婴儿便秘都是功能性的。婴儿进食太少时，消化后液体吸收余渣少，致大便减少、变稠。奶中糖量不足时肠蠕动弱，可使大便干燥。饮食不足时间较久引起营养不良，腹肌和肠肌张力减低，甚至萎缩，收缩力减弱，形成恶性循环，会加重便秘。