新生儿便秘多与食物的成分关系密切，如果食物中蛋白质含量过多，糖类不足，使肠发酵相对减少，使大便呈碱性、干燥，导致便秘，也有可能是由于小儿食量太少。经过消化后，肠道中的余渣少，导致大便减少；也有可能是由于生活和排便不规律，排便反射形成减弱，或者不形成，导致便秘的发生，也有可能是先天性无肛、先天性巨结肠等多种原因导致。