早晨起床口臭是因为在夜晚睡眠时唾液停止分泌，因为唾液本身有杀菌、抑菌、润滑口腔的作用，一旦停止分泌，就会导致细菌在龈沟内大量繁殖。晚上刷牙只能清除80%左右的牙菌斑，还会有少量的细菌残留在牙缝中，会在夜间进行滋生。如果本身有慢性的牙周炎，在晨起后口臭的情况就会更加严重，通常会较正常人口臭情况多于五倍左右，因为口腔内有大量牙结石和牙菌斑的存在，细菌的滋生也是千倍万倍的增长。