新生儿发烧39度，如果不积极治疗，是会引起脑炎的。如果高烧不退，可能会有微生物侵入到人体内。尤其是侵入到了脑膜实质，如果不及时处理，会造成脑膜炎等并发症。因此，如果高烧不退，应该尽快去医院进行输液治疗，以免造成不良后果。可以进行物理降热法进行降热，这样可以有效的缓解病情的发生。