女性卵巢囊肿通常不会有症状，但会注意到下腹内会有一个坚实而无痛的肿块，或是在性交时会发生疼痛难受。大型的囊肿会对膀胱附近造成压迫，使得尿液潴留，但这种情形很少发生。当囊肿影响到激素生产时，可能会出现诸如阴道不规则出血或体毛增等症状。囊肿会发生扭转，这会造成严重腹痛、恶心及发热。