疱疹性咽峡炎是由肠道病毒引起的以急性发热和咽峡部疱疹溃疡为特征的急性传染性咽颊炎，以粪-口或呼吸道为主要传播途径，手足口病是由肠道病毒引起的传染病，所以疱疹性咽颊炎和手足口病都是由于病毒感染引起的疾病，但是疱疹性咽颊炎只是上呼吸道的感染，而手足口病是一个全身性的传染病，两者的发病部位不同，疱疹性咽颊炎皮疹主要是局限在咽颊部和上颚，手足口病除了口腔里面的皮疹，还会出现手心、脚心等其他部位。