细菌性角膜炎和真菌性角膜炎可以通过症状进行区分。
1.细菌性角膜炎：细菌性角膜炎是由细菌感染引起的角膜上皮缺损及缺损区下角膜基质坏死的化脓性角膜炎。病情多较危重，如果得不到有效的治疗，可发生角膜溃疡穿孔，甚至眼内感染，最终眼球萎缩。即使药物能控制也残留广泛的角膜瘢痕、角膜新生血管或角膜葡萄肿及角膜脂质变性等后遗症，严重影响视力甚至失明。
2.真菌性角膜炎：真菌性角膜炎是一种由致病真菌引起的至盲率极高的感染性角膜病变。本病起病缓慢，早期眼部刺激症状较轻，主要表现有眼部异物感、眼部刺痛、视力障碍等症状。