细菌性角膜炎和真菌性角膜炎可以通过病因、症状、病灶来鉴别。
1、病因：细菌感染导致的细菌性角膜炎是由于角膜上皮缺损和缺损区下的角膜基质坏死所致。而真菌性角膜炎是由致病真菌引起的感染性角膜病。
2、症状：细菌性角膜炎患者多有畏光、流泪、眼红、眼痛、视力障碍、眼睑高度水肿等症状，如果不能有效的控制病情，还会导致角膜坏死、穿孔。真菌性角膜炎刺激症状较轻，但可能伴视力障碍。
3、病灶：细菌性角膜炎在进行药物治疗前能够从浸润灶刮取坏死组织涂片，染色导致细菌。而真菌性角膜炎的浸润病灶通常为白色或灰白色，致密表面不平滑，呈现牙膏样或苔藓样外观。