羟氯喹是目前治疗结缔组织病的基础药物，羟氯喹是目前治疗结缔组织病的基础药物，只要确诊为结缔组织病，一般都会服用羟氯喹。羟氯喹能显著改善未分化结缔组织病的预后，因为它是一种功能比较全面的调节免疫药物，具有抗光过敏、治疗关节炎、抗血小板聚集等作用。
未分化结缔组织病患者除了服用羟氯喹外，还要根据自身的症状和脏器受累情况使用不同的药物，如肾小球肾炎合并肾脏损害时，可应用糖皮质激素、来氟米特或硫唑嘌呤、环磷酰胺等免疫抑制剂，合并雷诺综合征的患者需要使用扩血管药物，治疗方案不同。