硬皮症患者可能会有多个器官的损伤，严重的会导致功能不全。
第一：肾，硬皮病变伴随着肾损害，硬皮肾危，是导致慢性疾病的重要因素之一。临床上以肾脏疾病为主的疾病有：高血压、急性性肾功能衰竭。
80%的肾脏危象是在开始的4-5年内出现的，特别是在不能很好地控制和不规范的情况下。
第二：心脏，到了后期，硬皮症病人会有心脏病的症状。主要表现为：呼吸急促、心慌、胸部疼痛、心包、心室等。一些病人会出现难治性充血性心衰，房室传导障碍，心率失常，这些都是影响病情发展的主要原因。