韦格纳肉芽肿病因尚不十分明确，可能与异常免疫反应有关。
韦格纳肉芽肿可能和微生物感染如细菌、病毒、真菌等有关。亦为上呼吸道感染后分解出物质为致敏原，使机体发生不正常免疫反应，并有韦格纳肉芽肿发生。还有一些病例是在长期服用肾上腺皮质激素后引起的。此外，部分患者查类风湿因子和抗平滑肌抗体均为阳性，丙种球蛋白增高，出现免疫复合物，免疫球蛋白在毛细血管壁沉积，因此，韦格纳肉芽肿是一种疾病，可能和自身免疫有关，属于自身免疫性疾病。