韦格纳肉芽肿进展迅速，预后较差，一般较为严重。
该病是一种较为严重的疾病，若是患者未接受糖皮质激素治疗，平均生存期可能只有为5个月。大部分的患者可能会在2年内死亡，所以韦格纳肉芽肿是一种更严重的进展性疾病。早期诊断，早期治疗，预后明显改善。目前以糖皮质激素和细胞毒性药物为主。根据病情，可结合静脉注射优质免疫球蛋白，加强对症支持治疗。