手足口病的临床诊断主要依据流行病学史、皮疹特点和伴随症状。
1、流行病学史：手足口病多发生于婴幼儿及小儿,5岁前特别易感，感染成人后基本无明显症状。
2、皮疹特点：手足口病疱疹多发生于手、脚及口腔黏膜上，皮疹可为斑疹性、斑丘疹或水疱性等，疱疹很小，可有小量疱液，痒感并不突出，口腔黏膜疹常伴口腔溃疡症状。
3、伴随症状：小儿可有低热、流清涕、咽痛、腹痛等全身症状，可因咽痛发生拒食。
另外临床对手足口病除了以症状及流行病学为依据外，还可结合病原学、血清学等检验结果综合评判。