消毒指的是使用化学制剂或者其他的方法，将大多数的微生物杀死，这样可以将致病的微生物降低到一个安全的程度。而消毒需要更高的标准，它需要将所有的细菌，包括细菌繁殖体、细菌芽孢都给杀死，因此，灭菌是一个更高的标准。
正因其理念上的差异，才导致了其适用范围上的差异。消毒通常被用在酒精消毒皮肤，碘伏消毒皮肤，或用含氯的消毒剂消毒地面。
而消毒通常被用在医疗活动中，例如医疗设备，如心脏支架，需要放置在患者体内，要达到消毒的要求才能确保安全。