通常情况下，部分乙肝携带者是有可能转为阴性的。
当患者感染乙肝病毒并进入体内时，尽管病毒数量较高，但并不会对肝细胞造成损害，与肝细胞相互和平共存。这个阶段肝功能正常，被称为免疫耐受期。
然而，随着时间的推移，机体会意识到乙肝病毒并非属于自身，于是启动免疫攻击的机制。在这个阶段，通常会出现转氨酶异常，而乙肝病毒的数量会下降，这通常不是一个好的状况。这个阶段被称为免疫清除期，即肝功能异常，但乙肝病毒的数量有所下降。
对于那些在转氨酶升高的情况下年龄低于40岁的患者，特别是B型基因型患者，有2%至15%的患者可能会发生E抗原的消失并产生E抗体，也就是E抗原血清学转换的结果。在发生E抗原血清学转换后，每年约有0.5%至1%的患者可以出现表面抗原的阴性转换，即能够清除病毒，从而达到自愈转为阴性的结果。