多数免疫力正常的病人支原体感染痊愈后不复发，但是支原体感染不形成终身免疫，有些病人支原体转阴后还可复发，如果机体免疫力降低，或者再与感染原接触，支原体又可发生感染。
多数患者在支原体感染时，可表现为支原体肺炎，支原体尿道炎和生殖道感染，经正规的治疗通常不复发。有些病人因免疫功能低下而重新暴露于支原体后可反复发作，需积极再治疗。
此外如果病人在经过治疗之后对支原体进行检测，则会因为检测试剂不敏感而导致核酸检测结果为假阴性，也就是在病人分泌物当中仍然存在着一些残留支原体，因核酸有检测下限而未发现潜伏支原体。
可因停止使用抗支原体药物时支原体又重新生长滋生，继而导致病人再次出现尿频、尿急、尿痛等支原体感染表现，并伴有白带增多。