通常支原体感染病人的病症和支原体感染出现的位置是相关的。出现的地方不一样，症状不一样。
支原体肺部感染时，通常会出现发烧、头痛、流涕、肌肉酸痛等身体不适以及剧烈顽固的干咳等。有的年幼患者会有比较明显的耳痛或者鼻咽炎和耳鼓膜炎，会伴有局部疱疹的发生，并且会引起咽痛和淋巴结肿大。
这种情况下主要表现为尿急、尿痛、尿道灼热、尿道有分泌物等症状。部分患者尿道炎会由于病原体逆行感染而引起膀胱炎或者肾盂肾炎从而出现腰痛不适。还有一些支原体感染的症状，有的时候支原体也会出现呕吐、拉肚子、发烧等。严重者会使病情急剧恶化，从而出现呼吸困难、多脏器功能衰竭等。