细菌感染高烧40不退可能是药物不敏感、病因不明等因素导致的，需要对症治疗。
1、药物不敏感：如果是细菌感染，首先要确定是什么类型的敏感菌，然后再选择相应的药物，如果使用的药物不敏感，就不会有很好的疗效，也就会出现以上的症状。
此外，如果患者自身对这种药物有抗药性，也会引起细菌感染，出现40℃不退的症状。这个时候，需要在医生的指导下进行细菌培养，然后停用，并选用罗红霉素片、左氧氟沙星片、阿莫西林胶囊等对其有较强的敏感性。
2、病因不明。如果患者出现了细菌感染和病毒感染，但是只做了抗菌治疗，没有服用抗病毒药物，就会出现细菌感染，发烧40℃以上，但是还没有退烧。出现上述症状的患者，必须在医生的指导下，口服阿莫西林胶囊，以及磷酸奥司他韦颗粒和利巴韦林片。