由于症状不同引起眼睛酸痛需要用到不同的眼药水，眼药水只能够缓解眼睛酸痛，无法完全治愈眼睛酸痛，对于病毒感染、细菌感染、眼睛干涩或者眼睛疲劳、青光眼引起的眼睛酸痛等情况，患者可以在医生指导下选择适合自己的眼药水。
1、病毒感染
对于病毒感染引起的眼酸可采用利巴韦林滴眼液，阿昔洛韦滴眼液和更昔洛韦眼用凝胶。
2、细菌感染
对于细菌感染引起眼睛酸痛可采用激素类眼药水如盐酸左氧氟沙星，妥布霉素，加替沙星滴眼液。
3、眼睛干涩或者眼睛疲劳
对于眼睛干涩或者眼疲劳引起眼睛酸痛可采用玻璃酸钠滴眼液和七叶洋地黄双苷滴眼液。
4、青光眼
对于青光眼引起的眼酸可采用硝酸毛果芸香碱等缩瞳剂滴眼；β受体阻滞剂有盐酸卡替洛尔滴眼液和马来酸噻吗洛尔滴眼液等；酒石酸溴莫尼定滴眼液等α受体激动剂的作用；布林佐胺滴眼液等碳酸酐酶抑制剂。