角膜水肿的治疗方法包括药物治疗、手术治疗和保护角膜治疗等。对于感染性疾病导致的角膜水肿，应根据病原体选择合适的药物，如左氧氟沙星滴眼液、典必殊滴眼液、阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦凝胶等。对于真菌感染导致的角膜水肿，可选用氟康唑滴眼液。对于虹膜睫状体炎并发的角膜水肿，可使用散瞳药阿托品滴眼液。
手术治疗如角膜移植术应在保守治疗无效时才考虑。同时，患者出现视物模糊、眼痛、畏光、流泪等可能提示角膜水肿的症状后及时就医，早期治疗，避免角膜严重受损。