导致扁桃体周边脓肿的原因有两种，一是因为急性化脓性扁桃体炎，可能是因为隐窝口的引流不顺畅，或是因为深层滤泡受到了严重的炎症所致。
这是一种由扁桃体被膜浸润到深层的炎症，也就是所谓的穿透杏仁被膜，影响到了扁桃体的周边间隙。其次是因为磨牙的周边炎，可能是因为其上方磨牙或下方磨牙，导致的炎症较重，从而影响到了扁桃体周边间隙，从而引起了扁桃体周边脓肿。扁桃体周边脓肿分为前上型和后上型，后上型的患者很少见，但症状也比较严重。