慢性扁桃体炎的手术适合情况复杂、保守治疗无效、影响其他器官时使用。
慢性扁桃体炎的手术适合情况复杂，比如慢性扁桃体炎反复急性发作者、扁桃体周围炎症、曾经有咽旁间隙感染以及扁桃体周围脓肿发作时使用。
如果慢性扁桃体炎已经经过保守治疗，但是没有效果，扁桃体是埋藏型，隐藏排列不齐，隐窝内有脓栓，扁桃体的表面不平和周围粘连，舌颚弓限局性充血以及表面培养有溶血性链球菌者适合手术治疗。
另外慢性扁桃体炎已经导致邻近的器官生病，比如慢性鼻炎、颈淋巴性炎性肿大、咽鼓管炎、慢性咽炎以及慢性喉炎等也适合手术治疗。