扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，如此处长期阻塞，分泌物引流不畅，干酪样物积聚，致不易溶解的钙、镁等无机盐沉积而成结石。小结石可用刮匙或钳子挖出，大结石须在表面麻醉下切开粘膜取出，但须防止坠入呼吸道。若因结石刺激引起周围炎症可以局部治疗。良好的卫生，冲洗漱口，水及咸水含漱液能帮助消除扁桃体石块，并减少口臭。