扁桃体结石小结石可用刮匙或钳子取出，个别的可用负压吸引取出。大结石在表面麻醉下切开黏膜取出，但需要防止坠入呼吸道。若因结石刺激引起周围炎症可以用消炎药物局部治疗，如含漱液消除扁桃体结石。或者用敷贴将药物直接贴于下颌部与扁桃体相对应处，以达到清热解毒，消肿散结的目的。对于顽固性扁桃体结石，保守治疗效果不佳的，可以考虑行扁桃体切除术，以消除咽部不适及口臭。