酪酸梭菌活菌胶囊主要用来治疗肠道菌群失调导致的急性腹泻。酪酸梭菌活菌胶囊联合其他四联杀菌药物，对治疗幽门螺旋杆菌感染有很好的效果。另外对治疗溃疡性结肠炎也有一定的功效。研究表明酪酸梭菌活菌胶囊作为辅助药物，在治疗新生儿黄疸时，能够降低新生儿血清中的胆红素，缩短新生儿黄疸的持续时间，加快新生儿黄疸的痊愈。