感染性心内膜炎发病率为15%-35%，病变的瓣膜上的肿瘤被内皮细胞完全包裹，因此在高烧后几天到几个月内就会发生栓塞，而早期的栓塞往往会发病的很快，也很危险，最容易发生栓塞的是大脑，皮肤和冠状动脉。
较大的皮栓塞会突然出现左上腹部或右侧肩膀的疼痛，少量的左胸腔积液和脾肿大，伴有比脾区的摩擦声，皮下栓塞会发展为皮脓肿，常见的是草绿色和金黄色葡萄球菌，而革兰氏阴性的血氧菌和真菌则是罕见的，在本病痊愈后一两年内还会出现栓塞，但这并不意味着复发。