大部分患者在做完房颤术后，都要长期服药，以有效地降低房颤的发生率，防止再次发生的卒中。
房颤术后要服用盐酸胺碘酮片6个月以上，6个月后要停止服用。停药后可以使用抗抑郁药来调节心跳，长期使用，是比较保险的。
此外，也有一些可以预防卒中的抗凝剂。华法林，利伐沙班，艾多沙班，达比加群等是目前常用的抗凝剂。
大部分房颤会反复发作，要视患者的病情而定。