伤寒性心肌炎容易跟病毒性心肌炎相混淆。
病毒性心肌炎主要表现为上呼吸道和消化道感染。出现发热、肌肉酸痛、咳嗽、咽喉肿痛等症状。腹痛、腹泻是消化道的常见症状，伤寒性心肌炎通常发生在伤寒的流行期，其次有伤寒的传染性，初期发病速度很慢，随后会有高烧，其次是玫瑰糠疹，可以用患者的血、尿、粪便等进行细菌的培养。另外，伤寒性心肌炎也有可能与铅中毒、汞中毒等药物中毒性心肌炎混淆，病人通常不会出现高烧，但常与铅、汞等有毒物质接触。