松果体囊肿引起的症状大多源自于囊肿体积较大，对松果体及其周边重要脑结构产生了压迫，临床上较常见的症状有颅内压增高症状，比如头痛，呕吐。眼部症状，比如视物模糊，眼球运动障碍。压迫导水管造成梗阻性脑积水，昼夜节律障碍，癫痫，耳鸣等。松果体囊肿压迫腺垂体会使性腺激素分泌减少，引起不孕。