经颅磁治疗的禁忌症有，癫痫或者癫痫家族应该禁止使用高频率、高强度的刺激，经颅磁治疗具有容易诱发癫痫发作的风险。头颅内有金属的异物或者带有心脏起搏器，心脏支架植入，有耳蜗植入者，有颅内压明显增高，接近刺激线圈部位的金属或者电子仪器，例如助听器、医疗泵等植入体内的异物有被破损的风险。