一般情况下，肝囊肿不会自然消失。
肝囊肿可能会随着病程的增长，逐渐的增大，有的肝囊肿会对患者产生压迫的症状，患者会有腹胀、腹痛等表现。因此，肝囊肿不会自然消失。如果患者的肝囊肿比较小的话，可以暂时不用处理，但要对肝囊肿进行定期的复查、随诊。一旦患者的肝囊肿比较大，而且压迫到邻近的器官，就需要进行手术治疗，如肝囊肿开窗术。