新生儿咽-食管的括约肌，在吞咽时还不会关闭，食管不蠕动，食管下部的括约肌也不关闭，新生儿胃体呈水平位，胃容量小，胃入口处喷门括约肌松弛，而出口处幽门肌肉却相对紧张，进入胃内的奶汁不易通过紧张的幽门进入肠道，却容易通过松弛的喷门返流回食道并从小嘴巴里流出来.另外，新生儿消化道神经调节功能尚未完善，这也是造成奶汁返流的原因。