多指畸形的原因有遗传因素，如父母双方患有多指畸形，或父母双方家族中出现多指畸形患者，则后代患病的概率较高。后天的很多因素均能导致多指畸形的产生。如怀孕期间空气质量较差、或接触了较多的放射线，或有熬夜等不良生活习惯、吸烟、饮酒等。女性若于怀孕期间服用某些药物，也可导致多指畸形的出现。