新生儿胎毒的发生原因目前不是很明确，可能的原因是胎儿在母体的子宫内所处的环境比较干净、安全，营养的摄入等都直接来自母体。出生后新生儿接触到自然环境中的各种病菌、过敏原刺激，加上新生儿自身免疫能力低下，从而导致新生儿胎毒难以去除。