头顶百会穴疼痛大部分是由于没有休息好或者劳累、淋雨、饮酒等诱因造成。紧张型头痛、神经痛的病人也会出现头顶百会穴胀痛不适。此外，一些疾病，比如脑出血、脑炎、颅内肿瘤、原发性颅内高压、颅内静脉窦血栓形成等也会造成头顶疼痛。这些器质性疾病引起的头顶疼痛通常持续存在，无法通过自我调整治愈，而需给予手术或药物治疗才能缓解症状。