五子衍宗丸和锁阳固精丸一起服用常见副作用主要是消化系统反应，比如恶心、呕吐、腹痛、腹泻、便秘，一般短期适量使用可能耐受性较好，但长期使用可能会带来上述副作用。由于副作用发生与用药剂量、使用时间相关，而同时不同人耐受性也不一样，症状会有差别。
五子衍宗丸成分当中含有枸杞子、菟丝子、覆盆子、五味子以及车前子，所以叫五子，主要是补肾益精的功效。锁阳固精丸成分比较复杂，除了锁阳、肉苁蓉等，还有其他多味中药材制成。使用时对于特殊情况，比如患者有过敏体质，可能还会产生过敏反应等，所以，在使用的时候应该注意。
在应用过程中也要注意，如果服药期间患者出现了发热、感冒症状，要及时停止使用。服药期间不能够吃不易消化、生冷、油腻的食物，会降低药效。同时为了增加药效，尽快发挥疗效，还要节制房事。除此之外，在短期内，比如四周内应用症状患者没有缓解以及出现不能耐受反应，都要及时停药，可以咨询药师，也可以到医院就诊。