补中益气丸的副作用为服药后会出现恶心、呕吐，以及胃肠道不适等不良反应，一般症状较为轻微，且多为一过性，停药后症状就可以消失，症状严重者请去医院就诊。极少数患者会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。
补中益气丸属于补益类中成药，此药上市后的副作用报告显示，按照说明书推荐的用法用量，辨证、合理使用比较安全，患者普遍耐受性良好，副作用较少。此药属于非处方药，按照说明书推荐的剂量和疗程使用比较安全，擅自超说明书用药，会增加不良反应发生的频率和程度，给身体造成伤害。需要注意的是，为保证用药效果，服药期间禁烟、酒及辛辣、生冷、油腻、不易消化的食物。