马尔堡病毒出血热以综合治疗为主，现今还没有针对马尔堡病毒的治疗药物，针对患者出现的临床症状对症治疗，应用体液疗法治疗，并预防水电解质代谢紊乱及酸碱失衡，其治疗周期与病程相关，主要为短期治疗。
一、一般治疗
1、卧床休息，尽快明确诊断和隔离病人。
2、给予病人高热量、适量维生素流食或半流食。
3、体液疗法，补充足够的液体和电解质，维持酸碱平衡，防止电解质代谢紊乱。
4、对有明显出血者给予血小板、凝血因子等血液制品治疗。
二、药物治疗
1、解热镇痛类药物：对于发热、疼痛患者可以给予对乙酰氨基酚治疗，因患者多存在血小板减少，避免应用双氯芬酸、布洛芬、阿司匹林。长期大量使用对乙酰氨基酚，患者可出现急性肝衰竭，注意用量及用药频次。
2、止吐、消化不良等药物：
（1）止吐首选昂丹司琼，孕妇及哺乳期妇女慎用，严重肝功损伤患者限制应用量。
（2）如出现胃灼热等消化不良症状患者，可给予奥美拉唑或三硅酸镁治疗。
（3）奥美拉唑可以抑制胃酸分泌，缓解胃部不适，不建议与其它抑酸药物共同使用。对于孕妇及哺乳期妇女尚未发现不良反应，但建议尽可能不用。
3、止痉药物：出现持续性痉挛患者，可以给予地西泮终止发作，苯巴比妥控制病情。严重呼吸功能障碍患者谨慎应用地西泮。地西泮和苯巴比妥静脉注射过快时会出现血压降低、心动过缓、呼吸暂停。
三、手术治疗
该病多无手术治疗。