马尔堡病毒出血热主要由马尔堡病毒感染所致，引起机体直接损伤和间接损伤。病人和感染的动物是主要传染源，通过患者或患畜的体液、血液、分泌物、排泄物传播，接触患者或患畜的人群普遍易感。
感染马尔堡病毒为该病的主要病因，感染后病毒可进一步复制侵犯淋巴细胞，通过血行感染其他器官组织，以肝、脾损伤最为严重。