益生菌和四磨汤可以同时用的。益生菌主要是活菌制剂，四磨汤则属于中成药。中成药的成分比较复杂，容易和其他药物发生化学反应，影响到药物的效果，所以四磨汤不宜和化学药物同时服用，但益生菌等活菌制剂，则不受影响。需要注意的是，益生菌不能和抗生素类药物同时服用，抗生素类药物可以杀灭益生菌，导致益生菌失去治疗效果。